Навчальний заклад бере свій історичний початок від підготовки кадрів на базі механіко-технічного училища м. Миколаєва, яке було засноване в 1902 р. Через 15 років воно перетворилося в політехнічне училище, а згодом у 1920 р. в технікум. Першими випускниками з вищою освітою стали інженери за фахом. Через 5 років технікум реорганізували в індустріальний, а ще через два роки у кораблебудівний. У 1929 р. технікум отримав статус Машинобудівного інституту, який в наступному році було перейменовано в Миколаївський кораблебудівний інститут.
Серед інших визначних дат для становлення вищого навчального закладу:
- 1949 р. – нова назва у зв’язку з присвоєнням закладу ім. адм. Макарова;
- 1994 р. – отримано акредитацію вищого рівня;
- 1994 р. – підвищення статусу до університету та отримано нову назву УДМТУ;
- 2004 р. – підвищення до статусу національного та отримано нову назву НУК.
- 2014 р. – сертифікація навчального закладу за стандартами ISO.
- 2017 р. – підтвердження сертифікації та проходження аудиту за оновленими ISO.
Наразі національний університет НУК єдиний в Україні заклад, який готує корабелів. Серед інших основних напрямків є машинобудування та енергетика. Випускники університету працюють в морегосподарській галузі в Україні та за кордоном. За 100 років роботи навчального закладу випущено понад 100 000 фахівців вказаного спрямування.
До складу навчального закладу входять 5 інститутів, 4 факультети, 2 філії, 4 навчальних центри, 2 коледжі, 1 ліцей, 2 закордонних представництва. Загальна кількість студентів, які навчаються щороку в НУК складає більше 8500 осіб. Доступні 14 галузі знань за 29 спеціальностями. Навчальний процес здійснюється за всіма формами навчання. Університет готує фахівців освітньо-кваліфікаційних рівнів всіх типів.
Навчальний процес забезпечують понад 500 викладачів, серед яких 60 докторів наук, 90 професорів та більше 250 кандидатів і доцентів. Такий потенціал забезпечує провідне місце ВНЗ серед інших навчальних закладів технічного спрямування. На базі університету ведеться наукова діяльність та діють: наукова й технічна ради, наукові школи, забезпечується діяльність 13 лабораторій й технічних центрів. Наукова бібліотека ВНЗ єдина й найбільша в напрямку кораблебудування.
НУК має 4 навчальні корпуси зі студентським містечком у складі 3 гуртожитків та 2 житлових будинків. Розташовані вони в зеленій зоні півострову, де зливаються річки Південний Буг та Інгул. Для відпочинку та дозвілля студентів діють 2 фізкультурно-оздоровчих комплекси, бази відпочинку на узбережжі Чорного моря. На базі університету діє меморіальний музей.
Університет приймає участь у програмах академічної мобільності на умовах партнерства зі 150 країнами світу. Програми передбачають отримання гранту на здобуття короткострокової освіти за кордоном. Забезпечується виплата стипендії та надаються умови для проживання. Результатом такого навчання є здобуття подвійного диплома з їх акредитацією та визнанням за кордоном.